12 марта 2013 года на заседании Священного Синода, прошедшем в Синодальном зале официальной Патриаршей и Синодальной резиденции в Даниловом ставропигиальном монастыре в Москве под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, принято решение о назначении игумена Петра (Еремеева) наместником Высоко-Петровского ставропигального мужского монастыря. Предыдущий наместник Высоко-Петровского монастыря игумен Исидор (Тупикин) решением Синода избран епископом Смоленским и Вяземским.
С 2010 года игумен Петр (Еремеев) несет послушание ректора Православного института святого Иоанна Богослова, а с 2011 года – также и ректора образованного на базе института Российского православного университета (РПУ), создание и успешное развитие которого непосредственно связано с плодотворной деятельностью отца Петра на посту руководителя вуза. До занятия ректорской должности в Москве общего признания заслужили труды игумена Петра (Еремеева) в качестве проректора Хабаровской духовной семинарии. Отец Петр принял самое активное участие построении учебного заведения, которое во многом благодаря его усилиям первой из духовных школ России прошла в 2009 году процедуру лицензирования программ высшего образования. Игумен Петр (Еремеев) также является главным редактором журнала «Православное образование», издаваемого Отделом религиозного образования Русской Православной Церкви совместно с РПУ.
Российский православный университет с момента создания в 1992-1993 годах первое время располагался в стенах Высоко-Петровского монастыря. Затем ректорат вуза и некоторые факультеты были размещены в корпусе в переулке Чернышевского, ставшем первым гражданским зданием университета. Сегодня в Гуманитарном корпусе (пер.Чернышевского, д. 11 А) располагаются историко-филологический факультет, факультет религиоведения, этнокультурологии и регионалистики и факультет психологии РПУ. Духовно-административным центром университета является храмовый комплекс во имя апостола Иоанна Богослова, что под Вязом, на Новой площади в Москве. Таким образом, в год своего 20-летнего юбилея Российский православный университет возвращается в здания, в которых начиналась его история.