8 декабря 2016 года руководитель Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки (Рособрнадзор) С.С. Кравцов подписал приказы № 2071 и № 2072 о государственной аккредитации образовательной деятельности религиозных организаций — духовной образовательной организации высшего образования «Санкт-Петербургская Духовная Академия Русской Православной Церкви» и духовной образовательной организации высшего образования «Московская Духовная Академия Русской Православной Церкви».
По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла Московская и Санкт-Петербургская духовные академии прошли процедуру государственной аккредитации на предмет соответствия уровня реализуемых ими образовательных программ федеральным государственным образовательным стандартам по теологии, а также на предмет соответствия этим стандартам содержания и качества подготовки выпускников духовных академий.
Наличие свидетельства о государственной аккредитации повзоляет предоставлять абитуриентам при поступлении в духовные академии льготы, предусмотренные законодательством Российской Федерации, а студентам очной формы обучения — отсрочку от призыва на срочную военную службу. Теперь академии будут выдавать своим выпускникам диплом о высшем профессиональном образовании государственного образца, который дает право в дальнейшем на поступление в магистратуру, а также признается работодателями как государственных, так и негосударственных учреждений.