Одним из важнейших направлений церковного социального служения является помощь пострадавшим в катастрофах и стихийных бедствиях. Пострадавшим от пожаров, наводнений, ураганов, террористических актов нужны одновременно все виды помощи: духовная, психологическая, медицинская, материальная. Церковь в течение многих лет оказывает поддержку людям, которые столкнулись с подобными трагедиями.
С 2014 по 2016 год Русская Православная Церковь оказывала помощь тысячам беженцев, приехавших в Россию из-за вооруженного конфликта на Юго-Востоке Украины. За это время было собрано более 132 миллионов рублей, их направили на оплату жилья для беженцев, приобретение продуктов, одежды, обуви, билетов к месту пребывания, оплату лечения и лекарств, адресную помощь, помощь в оформлении документов. Сотрудники Синодального отдела по благотворительности и представители епархий Русской Православной Церкви регулярно доставляли гуманитарную помощь жителям Донецкой и Луганской областей.
Для пострадавших от наводнения 2013 года на Дальнем Востоке и Южном Урале Русская Православная Церковь собрала более 107 миллионов рублей. Из этих средств оплачивался ремонт домов и квартир, приобреталась мебель, бытовая техника, генераторы, насосы для откачки воды, инструменты для просушки и ремонта домов, а также металлоконструкции и поликарбонат для обустройства теплиц для частных дворов. Также сотрудники Синодального отдела по благотворительности и священнослужители местных епархий доставляли пострадавшим гуманитарную помощь и принимали активное участие в аварийно-восстановительных работах.
В 2012 году в ликвидации последствий наводнения в Крымске и в помощи пострадавшим местным жителям принимали участие около 400 православных добровольцев из разных регионов страны, в том числе студенты духовных школ Русской Православной Церкви, а также сестры милосердия, сотрудники Екатеринодарской епархии и Синодального отдела по благотворительности. Для помощи пострадавшим было собрано более 51 миллиона рублей, большая часть средств была направлена на ремонт, восстановление, приобретение жилья, покупку необходимых вещей и продуктов питания. Были куплены 6 квартир и 5 домов, восьми пострадавшим оказана финансовая помощь в покупке жилья, также по 49 заявкам оплачены ремонтные работы жилых помещений.
Пострадавшим от лесных пожаров летом 2010 года Церковь отправила 262 тонны гуманитарной помощи, ее сбором, сортировкой и доставкой занимались более 8 тысяч добровольцев. Для помощи пострадавшим было собрано более 100 миллионов рублей. Эти средства были направлены на ремонт и приобретение жилья, покупку необходимых вещей.
Церковь оказывала помощь пострадавшим от пожаров в Хакасии и Забайкалье в апреле 2015 года, наводнения в Алтайском крае в 2014 году, от наводнения в Сербии в мае 2014 года, от землетрясения и цунами в Японии в марте 2011 года. Священнослужители и сестры милосердия оказывали духовную поддержку и заботились в больницах о пострадавших во время терактов в театральном центре на Дубровке, в Беслане, о пострадавших в транспортных авариях.
При Синодальном отделе по благотворительности создана группа Церковной помощи в чрезвычайной ситуации (ЦПЧС). ЦПЧС ― это священники, сестры милосердия и добровольцы, готовые по первому сигналу выехать на место трагедии, катастрофы, взрыва или теракта.